Adobe Reader X (10.1.0)を入れましたが、キーの処理で、何かやっているらしく、Autohotkeyと相性がわるいようです。
AutohotkeyベースのJCtrlを使っているので、これが使えないとほとんど作業できないくらい効率が落ちてしまいます。
　アンインストール決定！もちろんAdobe Reader X のほうを葬ります。